במנחה אומרים "ובא לציון גואל "( סימן רצ"ב) כתב בשבולי הלקט בשם רש"י שבכל יום אחר התפילה היו קוראים מקרא, משנה ושמועות, כדאמרינן לעולם ישלש אדם ימיו וכו' ,' וכיוון שרבה העניות, ולא היו יכולים לעסוק בלימוד, היו קוראים בנביא ב' פסוקים - "ובא לציון" "ואני זאת בריתי" . ובשבת ויו"ט שיש ביטול מלאכה לעם, החזירו עטרה ליושנה, לקרות בתורה ולתרגם מעין היום. ועל כן אין אנו אומרים "ובא לציון" בשחרית של שבת, שהרי כבר קראו בנביא (הפטרה), ואעפ"כ אומרים אותו במנחה כדי שלא ישכח בימות החול. ועוד הוסיפו לומר ואתה קדוש וכו', לפי שהקב"ה משרה שכינתו בתוכנו, לשמוע תהילות ישראל, דאמרינן אמר רבי חנינא על כל קילוס וקילוס שמשבחים ישראל לקב"ה הוא משרה עליהם. ועוד הוסיפו לומר "וקרא זה אל זה" שלא היו יכולים לומר קדושה בתוך התפילה, שגזרו שלא יענו קדושה והיו אורבים להם אם יענו קדושה, ולאחר התפילה כשהיו האורבים הולכים להם , היו קוראים "וקרא זה אל זה " . סיבה נוספת לקדושת ובא לציון מפני עמי הארץ המאחרים לבוא לתפילה, שלא יפסידו שמיעת הקדושה, כדאמרינן בשלהי סוטה – עלמא אמאי קאי אסדרא דקדושא וכו', ועל כן אין אומרים אותה בשבתות ויו"ט שכולם באים לבית הכנסת. ומה שנהגו לאומרה במנחה של שבת, לפי שהיו דורשים קודם תפילת מנחה ורגילים לדבר בסוף הדרשה בפסוקי גאולה וקדושה לכן מתחילים מנחה בעניני קדושה וגאולה.
והלבוש כתב ש"בא לציון" שבמנחה של שבת הוא במקום סדר קדושא שאומרים בכל יום חול בבוקר, אלא מאחר שבשבת ויו"ט מאריכין בתפילת שחרית ומוסף הניחוה עד מנחה.

טעם לאמירת תפילת "ואני תפילתי לך ה' עת רצון "  לפי הוצאת ספר תורה במנחה היא ע"פ המדרש "ישיחו בי יושבי שער ונגינות שותי שכר" וכתיב בתריה "ואני תפילתי לך ה' עת רצון" – אמר דוד לפני הקב"ה, ריבונו של עולם, אין אומה זו כעו"ג ששותין ומשתכרין ופוחזים. אנו לא כן, אע"פ שאכלנו ושתינו "ואני תפילתי לך ה' " וכתב בשיבולי הלקט (ס'  קכו')  בשם רבי נתן ב"ר מכיר, למה אומרים במנחה של שבת "ואני תפילתי" בשביל שצרה אחרונה שלא נהייתה מעולם כמוה, תהיה בעקבי הקץ תשעה חדשים, שנאמר "לכן יתנם עד עת יולדה ילדה". והיום האחרון  תכבד הצרה, מכל שלפניה, ויום שבת יהיה וכל יום תהיה הצרה. עד עת מנחה ואז יהיו ישראל נענין במנחה ומיד יבא משיח ויושיענו, הדא הוא דכתיב "בעת רצון עניתיך וביום ישועה עזרתיך" והיינו דכתיב "בשובה ונחת תוושעון" כלומר ביום נחת ( שבת) תגאלו ותפילת מנחה קורא עת רצון (שהרי אליהו לא נענה אלא בתפילת מנחה שנאמר "ויהי בעלות המנחה"). ונהגו לומר ואני תפילתי גם כאשר אין ספר תורה( משנה ברורה סק'ב', ילקוט יוסף הערה ב').
בתפילת העמידה אומר "אתה אחד" ויש בו נד' תיבות כמו שיש בפרשת זכור את יום השבת לקדשו עד ויקדשהו.

"מי כעמך ישראל גוי אחד בארץ" איתא במדרש ג' מעידין זה על זה : קב"ה ,ישראל ושבת. הקב"ה וישראל מעידין על השבת שהוא יום מנוחה. ישראל ושבת מעידין על הקב"ה שהוא אחד. הקב"ה ושבת מעידין על ישראל שהן יחידין באומות. ועל פי זה נתקן "אתה אחד".